گروه بندی جدایه های ویروس موزاییک خیار (cucumber mosaic virus) در منطقه مرکزی ایران بر اساس توالی ژن پروتئین پوششی

جنس cucumovirus یکی از اعضای خانواده bromoviridae می باشد و سه عضو ویروس موزاییک خیار، ویروس کوتولگی بادام زمینی و ویروس بی بذری گوجه فرنگی را شامل می شود.جدایه های ویروس موزاییک خیار بر اساس روش های سرولوژیک، نقشه پپتیدی پروتئین پوششی و تشابه ژنومی rna های ویروس گروه بندی می گردند. روش های مبتنی بر pcr نسبت به روش های سرولوژیک دارای حساسیت بیشتری هستند. جدایه های ویروس موزاییک خیار بر اساس ژن ناحیه پروتئین پوششی و ناحیه غیر کد شونده انتهای ژن در دو زیرگروه اصلی i و ii گروه بندی می شوند. حدود 140 نمونه با علایم ویروس موزاییک خیار از مناطق مختلف استان های اصفهان، چهار محال و بختیاری و مرکزی انجام گرفت. پس از استخراج rna کل از نمونه های آلوده به cmv، آزمون rt-pcr با جفت آغازگر تکثیر کننده ناحیه ژن پروتئین پوششی و ناحیه غیر کد شونده انتهای ژن rna3 انجام گرفت و قطعه ی 940 جفت بازی تکثیر گردید. نواحی توالی یابی شده در تمامی جدایه های این تحقیق شامل ناحیه ی ژن پروتئین پوششی با 657 جفت باز بود که توانایی کد کردن 218 آمینواسید را دارا می باشد. نتایج حاصل از همردیف سازی توالی های حاصل از این تحقیق با توالی های موجود در بانک ژن نشان داد که تمامی جدایه های این تحقیق (به جز جدایه ماش دستگرد اسفرزه (kf873621)) با درصد تشابه 94 تا 99% تشابه در زیرگروه ia و همراه با جدایه های so، bn57، mgh91، vir، ei1، di1 و gi1 قرار گرفتند. جدایه mde (ماش دستگرد اسفرزه) با 91 تا 92 درصد تشابه همراه با جدایه های zmbj و nt9 در زیرگروه ib قرار گرفتند. در درخت فیلونی رسم شده نیز تمامی جدایه های این تحقیق در زیرگروه i ویروس موزاییک خیار قرار گرفتند. نتایج این تحقیق نشان داد که اعضای زیرگروه ia و ib روی گیاهان میزبان در ناحیه مرکزی ایران وجود دارند و این در حالی است که اعضای زیرگروه ia فراوانی بیشتری دارند و جدایه های کمی تا کنون از زیر گروه ib و ii از ایران گزارش گردیده است.